巴贝虫病诊断主要依据病人蜱叮咬史，以及一些非特异性症状，如发热伴疲劳、寒战、出汗、头痛、肌痛、关节痛和厌食，实验室指标异常改变，如血小板减少、溶血性贫血和肝脏相关酶升高。活动性巴贝虫病的诊断主要根据血液标本涂片（薄血膜以防漏检，因为虫体较小，直径<3μm）吉姆萨或瑞氏染色观察巴贝虫。而实时PCR对血液中低浓度巴贝虫的检测比血涂片更有效，具有较高的灵敏性和特异性。血清学实验起辅助诊断的作用，但无法替代显微镜和PCR技术，因为早期感染时巴贝虫特异性抗体不一定能检测到，目前主要采用间接免疫荧光法（IFA），敏感性为88%-96%，特异性为90%-100%。

口服阿奇霉素联合口服阿托伐醌可用于治疗温和型巴贝虫病，而静脉注射克林霉素联合口服奎宁则常用于治疗巴贝虫病严重感染，疗程均为7-10天。高度免疫功能低下患者，尤其是最近有使用利妥昔单抗的B细胞淋巴瘤患者、CD4+T细胞缺乏的HIV患者、免疫抑制法治疗实体器官或干细胞移植患者，易发生持续性或反复性的巴贝虫病感染。近期研究表明，抗生素治疗此类患者时至少要维持6周，并且在治疗最后2周时血涂片无寄生虫检出。对于一些重度溶血性贫血的患者，可以考虑使用红细胞置换疗法，以预防器官衰竭和死亡。

轻、中症者须及时诊治，可获根治而无后遗症。重症出现溶血、肾衰竭且有脾摘除史者，预后不良。病死率约5%。慢性患者中出现原虫血症，可持续2年至数年之久。

预防巴贝虫病应避免媒介蜱类活动季节进入疫区，进入者应注意从衣服上检蜱，穿着防护衣袜，使用杀蜱和驱蜱剂。对疫区的献血者，应做认真检查，任何有疑似病史及久住疫区者不宜献血。对家畜要定期灭蜱，加强畜间检疫。