钙化性肌腱炎按病程可分为急性期（<6个月）或慢性期（>6个月）。并非所有存在钙化灶的个体都出现临床症状。 急性期表现为无诱因或轻微外伤及过劳后，出现关节剧烈疼痛、活动受限，夜间影响睡眠。在多数情况下，在急性严重的关节疼痛发作之后，病人疼痛及钙化灶会在数周后自行消失。少数病人局部持续存在少量的钙盐沉积而无症状。但有些钙盐沉积会持续存在多年，导致慢性症状。如果钙化灶大于1.5cm多有临床症状，关节可有不同程度的疼痛伴卡感，导致不同程度的关节功能障碍。在一些慢性病例中，可有间断的急性发作伴有疼痛缓解期。 Uhthoff等根据钙化性肌腱炎的病理过程将其分为三期。 第一期为钙化前期，是钙化前的早期阶段，患者通常没有临床症状。 第二期为钙化期，又可分为钙化形成期、静止期和吸收期。 钙化形成期，此时可能无症状或有不同程度的疼痛。 钙化静止期，提示钙质沉积过程的终结。 钙化吸收期，可出现极度的疼痛，患者多在此时开始寻求治疗。此时的钙沉积有些像奶油或牙膏。 第三期为钙化后期。此期疼痛显著减退。

钙化性肌腱炎的病因仍不清楚，过去一般认为肌腱过度使用或老龄化所致的退变是该病最先出现的病理变化。目前多数学者认为其发生与退行性改变、组织乏血管区、代谢紊乱及细胞介入调节反应等因素有关。 钙化之所以通常发生在冈上肌肌腱，是因为冈上肌是肩袖肌群中退变发生最早的肌肉。而Codman在1934年提出冈上肌腱在大结节止点近侧1cm 范围是乏血管区，血供最差，受应力作用的影响最大，也是引起退变的主要原因，在退变的基础上，进一步局部钙盐代谢异常导致钙盐沉着，形成冈上肌腱钙化性肌腱炎。 也有学者注意到内分泌疾病与肩袖钙化性肌腱炎的联系，如患有肩袖钙化性肌腱炎的患者甲状腺激素及雌激素代谢异常的发生率明显升高，超过30%的糖尿病患者患有肩袖钙化性肌腱炎，但是尚不清楚两者之间的联系。