对于急性门静脉血栓形成，一致认为应立即抗凝治疗，可以采用低分子肝素加华法林。但是，对于慢性门静脉血栓和已形成门静脉海绵样变的患者，是否应进行抗凝治疗，尚存争议。反对者认为，对此类患者采用抗凝治疗，会增加消化道大出血的危险，然而有些学者的长期随访表明，在这类患者中继续使用抗凝治疗，消化道大出血的风险并没有增加，反而可以阻止新血栓形成和血栓蔓延，从而延缓门静脉海绵样变进展。

    对于急性消化道大出血，可以采用内镜下套扎或硬化剂控制出血，这2种治疗方法在此类患者中起到了很好的疗效。 原先认为门静脉海绵样变不宜采用经颈静脉肝内门体分流术( transjugular intrahepatic portosystemic shunt，TIPS) 治疗，然而，近年来越来越多的医学中心开始尝试使用TIPS治疗门静脉血栓形成以及门静脉海绵样变的患者，发现TIPS 在降低门静脉内压力和阻止门静脉内血栓蔓延至肠系膜上静脉和脾静脉上有较好疗效，同时能够加快血流速度，增加门静脉流出量，提高患者的生存率，同时可为后续的肝移植治疗做准备以提高肝移植的成功率。因此，TIPS 可能成为治疗门静脉海绵样变的一种较为有效的方法。然而，在门静脉海绵样变的患者中使用TIPS 治疗存在一定难度，且门静脉内血栓蔓延越广泛，TIPS的成功率相对越低。再者，患者若存在高凝状态， 也不利于TIPS的长期有效性，因此，患者术后在无禁忌证的情况下终生服用抗凝药有利于维持TIPS的疗效。

    尽管预防和治疗门静脉海绵样变引起的消化道出血可以采用上述药物和介入治疗，但是目前使用最广泛的还是各种分流术。对于常规治疗肝硬化性门静脉高压所采用的如肠腔静脉分流术、中心型脾肾静脉分流术、远端脾肾静脉分流术和Meso－Ｒex 分流术( 即肠系膜上静脉与门静脉左干之间分流) 都可以用于门静脉海绵样变的患者。至于如何选择手术方案，国内的经验是: 肠腔静脉分流术适用于已经接受脾切除或断流术的患者; 中心型脾肾静脉分流术和远端脾肾静脉分流术都可作为常规治疗术式，近些年后者逐步取代前者， 对于有经验的医生更推荐使用远端脾肾静脉分流术，然而，对于远端脾肾静脉分流术，考虑到脾肾静脉吻合时，存在胰头周围纤维组织过度增生，导致脾静脉直径过大过小和肾静脉位置过深导致脾静脉与肾静脉的交角不利于两静脉吻合等问题

     Meso－Ｒex 分流术似乎更适合门静脉肝内分支畅通的患者，在保证入肝血流的同时降低门静脉压力，减少出血率，预防肝性脑病; 联合断流术和分流术是目前国内学者较为推崇的术式，联合手术在较完全地阻断门静脉侧支的同时维持较稳定的向肝血流，避免因单纯分流术栓塞或残留冠状静脉侧支导致再出血的危险。

    对于上述方法皆无效且发展为进行性肝衰竭者，肝移植便成为治疗门静脉海绵样变最后也是迄今唯一可能治愈的方法。手术难点在于如何重建门静脉从而保证移植物的血流供应。为克服此难点，已有很多术者采用患者扩张的胆道周围静脉与供肝的门静脉主干或分支进行端端吻合来重建门静脉， 这个方法现已取得了很好的效果，在维持术后正常肝功能的同时降低门静脉内血栓形成的几率，大大减少围手术期病死率， 然而其长期疗效尚需进一步研究。