根据临床表现高血压、肾盏梗阻引起的继发性尿路感染，以及B超、CT和MRI、肾囊肿内液体检查，并在排除其他类型的肾囊性疾病后，可以作出本病诊断。本病诊断主要依靠B型超声或CT检查。

单纯性肾囊肿一般肾内囊肿数不多，囊腔不大，肾功能正常，通常情况下不需治疗，定期复查B型超声是必要的。如遇肾盂肾炎应想到囊肿感染的可能，常用喹诺酮类如氧氟沙氟沙氟沙星（氟嗪酸）0.3～0.4g，2次/d，或磺胺甲噁甲噁唑/甲氧苄苄苄啶（SMZ-TMP）1.0g，2次/d，共用10～14天为1个疗程。肾区疼痛可使用消炎止痛剂。如囊肿位于肾门处压迫肾动脉或引起肾盏梗阻，并出现高血压和囊肿较大（直径＜5cm）且有症状者考虑穿刺抽除囊液，以消除高血压和梗阻。每次穿刺抽液后，应根据囊的大小分别注射2～5ml无水酒精，以使囊体逐步缩小。一般需多次穿刺抽液并注射无水酒精，才能使囊趋于封闭，患者往往在抽吸囊液减压或囊肿切除后血压即随之下降。单纯性肾囊肿一般疗效较佳，除非囊肿很大，一般不影响肾功能，故趋向于非手术治疗。但如囊壁有癌变或同时并发肾癌，则应及早手术。

单纯性肾囊肿一般无临床症状，不影响肾功能，因此预后良好，也不影响患者的寿命。

由于单纯性肾囊肿尚无有效的治疗方法，防治肾脏并发症和维持肾功能是主要预防目的。 对本病患者应避免近身接触性活动，尤其是碰撞、挤压，以防囊肿破裂。 单纯性肾囊肿患者易发生尿路感染，尤其是女性，必须积极对症及支持治疗。