临床表现包括：发热、腹痛、腹泻，其最典型的特点就是里急后重和黏液脓血便，同时，内毒素还可以引起全身中毒症状，引起发热、乏力、食欲不振等症状，中毒性痢疾还有高热、惊厥、嗜睡、昏迷的表现；根据临床表现，痢疾还可以分成两大类，急性细菌性痢疾和慢性细菌性痢疾，急性细菌性痢疾也可以分为轻型、普通型和中毒型痢疾，而慢性细菌性痢疾可以分为隐匿型、迁延型和慢性急性发作三种类型；轻型的痢疾发热症状相对较轻，腹泻程度也较轻，可能以黏液便为主，血便不太明显，而普通型的痢疾，发热症状相对较重，会有胃寒、乏力、食欲减退、腹痛腹泻的症状，黏液脓血便也要重一些，腹泻次数可能在十多次以上，里急后重的感觉会明显一些；而中毒性痢疾起病特别急，患者会突发高热、反复的抽搐、惊厥，会有意识障碍，严重的还会四肢苍白、精神萎靡；病程超过两个月的痢疾称为慢性痢疾，隐匿型痢疾很快能自己缓解，迁延型痢疾，腹痛腹泻会反复发作，而慢性痢疾的急性发作，通常在在治愈后会留有一些胃肠道的慢性疾病，一旦有饮食不当或着凉的诱因，慢性痢疾就会急性发作；通常，慢性细菌性痢疾患者多无高热，有时可出现腹痛、腹泻、呕吐和低热，大便每日3到5次，可有正常便、黏液便和脓血便交替出现。

慢性痢疾是由志贺菌（又称痢疾杆菌）引起，志贺菌属于肠杆菌科、志贺菌属，革兰染色阴性。志贺菌根据菌体抗原的不同，可以分为4个群，痢疾志贺菌（A群）、福氏志贺菌（B群）、鲍氏志贺菌（C群）、宋内志贺菌（D群）。我国主要流行的是福氏志贺菌（B群）和宋内志贺菌（D群）。 志贺菌在体外生存力较强，可在粪便中存活10天，食物以及污染物品上生存1～3周，但是志贺菌对日光照射、煮沸、含氯消毒剂敏感，对广谱抗生素敏感。 志贺菌有较强的致病力，感染剂量只需10～100个细菌。各群志贺菌均能产生内毒素，可引起发热。A群志贺菌还能产生外毒素（志贺菌素，Shiga Toxin），可以导致本病极少见的合并症－溶血尿毒综合症