在前纵隔发现囊性肿物时，应想到胸腺囊肿的可能，依病史、临床表现及影像学检查，部分病例可以在术前明确诊断，CT有清晰的囊壁，全部或部分包围。本病应注意与以下胸腺肿瘤鉴别：

1.纵隔囊性畸胎瘤(皮样囊肿)， 好发于前上中纵隔，同样多为薄壁囊肿，但囊内可含有脂肪成分，钙化甚或牙齿样结构，最常见的CT 表现为内含软组织、液体、脂肪和钙化；

2.囊状淋巴管瘤、支气管囊肿与心包囊肿可能出现于前上中纵隔，心包囊肿的CT、MRI表现类似胸腺囊肿，胸部 X线片示边界清晰的圆形或卵圆形肿物，位于心膈 角；

3.一些胸腺肿瘤也可表现为广泛的囊性变，甚至掩盖肿瘤本身；

4.胸腺瘤囊变，多见于化疗前后，发展至一定程度可产生较大的单房或多房囊肿，胸腺囊肿合并感染和出血时更不易鉴别；

5.纵隔霍奇金病合并的胸腺囊性改变；

6.胸腺囊肿还可合并胸腺癌等恶性肿瘤；术前鉴别常较困难，胸腺囊肿和胸腺必然有蒂相连，术中的探查和术后病理学诊断，均有助于明确诊断。