囊肿的囊壁薄厚不等,含有淋巴样组织,通常多覆有复层鳞状上皮,少数被以柱状上皮。囊壁内淋巴样组织炎症可产生纤维化,使囊壁增厚。关于鳃裂囊肿的病因学仍有争论,但大多赞同下列鳃源性学说:
1.鳃器上皮细胞的残留。
2.鳃沟闭合不全。
3.分隔鳃沟与咽囊的闭膜破裂。
4.鳃器的发育异常。
5.颈窦存留。
以上几种因素也可同时存在。还有作者因囊肿标本大部分有淋巴组织而提出“良性淋巴上皮囊肿学说”,认为是一种囊性淋巴结病变或称“良性淋巴上皮囊肿”。人胚第4 周初出现鳃弓, 左右对称, 第4 周末可见第1~4 对鳃弓出现, 第5 对鳃弓在人类罕见形成, 第6 对鳃弓也发育不全。相邻鳃弓之间有鳃沟, 共5 对。第1 对鳃弓不久发育成上颌隆起和下颌隆起, 参与颜面的形成。第2 对鳃弓参与舌骨及颈部的形成, 第2 鳃弓向尾侧增长迅速, 逐渐覆盖3、4 鳃弓, 第2 对鳃弓与下方其他鳃弓之间的腔隙, 称为颈窦。不久颈窦闭锁, 颈部形成。如果在胚胎发育过程中, 颈窦不闭合, 留有残余的上皮组织, 即可形成鳃裂囊肿。