急性期持续数天，如治疗不及时，即可能转为亚急性感染，主要表现为间歇性腹泻、腹痛、食欲减退等，可持续数月。慢性期主要表现为反复发作或持续稀便，多为周期性短时间腹泻，大便为表面漂浮黄色泡沫的稀便，恶臭。腹胀、嗳气、厌食、恶心、但腹部绞痛少见。病程常可长达数年，儿童贾第虫病病例和严重感染者因长期吸收不良可导致消瘦，体重减轻，发育障碍，贫血等。 

从腹泻物中仅可找到滋养体，从软便或成形便中则查到包囊或滋养体的机会较多。患者有时呈间歇性排包囊，若直接涂片检查阴性，除考虑采用浓集法找虫外，宜隔日粪检1次，连检3次。对粪检阴性而怀疑胆道贾第虫感染者可作十二指肠引流，在胆汁中寻找滋养体。此外，还可应用肠内试验采集标本，具体做法是：嘱患者吞下一个装有尼龙线的胶囊，线的末端经胶囊一端的小孔引出并粘在受试者口外侧，吞下的胶囊在体内溶解后，尼龙线便自行松开、伸展，经3～4小时可达十二指肠和空肠。肠内若有滋养体，便可随肠液一起黏附于尼龙线上。缓缓拉出尼龙线，取线上黏附物镜检。若查见滋养体，即可确诊。胸部X线检查都会显示肺浸润，但在最初数小时可表现不明显或难以发现。支气管肺炎是最常见的X线表现，但实变局限于一叶的大叶性肺炎伴典型支气管充气征是肺炎球菌感染的特殊表现。