可采用全身治疗及局部治疗。由于阴道滴虫常伴泌尿系统的滴虫感染，并可隐藏在子宫颈腺体、阴道皱襞及尿道下段，故单纯局部用药不易彻底消失，停药后易复发，使疾病经久不愈。因此应首选全身治疗，并主张单剂量一次给药，且需连续3次月经期后复查滴虫阴性者方为治愈。滴虫病患者的性伴侣必须同时治疗.
　　
（一）全身治疗
　　
甲硝唑（灭滴灵）口服，这是治疗滴虫病最有效的方法。用法：灭滴灵2.0g，一次顿服，或者灭滴灵500mg口服，每日2次，连服7天。以一次给药法为首选。若上述治疗方案失败时，对耐药的阴道滴虫株应再给予灭滴灵500mg，每日2次口服，共服7天；若治疗仍失败，则应加大剂量，改用灭滴灵2.0g，每日1次顿服，共用3～5日。因月经后本病易复发，故下次月经过后最好再治疗1疗程，以巩固疗效。用本药治疗期间应避免饮酒及酒精饮品，以免引起戒酒硫样反应。并注意药的副作用。
　　
（二）局部治疗
　　
１．增强阴道防御能力用0.5%的乳酸或醋酸溶液冲洗外阴阴道，或用1:5000高锰酸钾冲洗阴道。２.用灭滴灵200mg或滴维净1片或卡巴砷400mg，每晚塞入阴道后穹窿，7～10天为一疗程。若先用上述酸性溶液清洗阴道后再放入药栓，则效果更佳。
　　
（三）特殊治疗
　　
１．孕妇的治疗由于甲硝唑对啮齿动物有致癌作用，对细菌也有致突变作用,故妊娠头3个月内不应服用，而应以局部治疗为主，但疗效不理想。对于妊娠中期以后仍有严重症状的病人可以考虑甲硝唑2.0g一次顿服疗法。
２．性伴侣的治疗滴虫病患者的性伴侣必须同时接受治疗，方法剂量相同。