感染可以通过人不同系列和非人类来源细胞的组织培养中分离到病毒而证实，病毒标本通常从皮肤水泡、口腔，眼睛和脑脊液取得。在一些表现为脑病的新生儿，病毒仅能从大脑中发现。但是精确的测试(如单纯疱疹病毒PCR检测)只能在一些研究单位和特殊实验室中进行，如病毒分离培养，抗体检测，DNA检测，也可通过合适的高滴度抗血清作中和反应。把病损皮肤涂片使用单克隆抗体和电镜检查，做免疫荧光检查。如果无病毒学诊断设备，用病损基底部细胞，作帕氏涂片可显示特征性组织病理学依据(细胞肿大和核内包涵体)，但这一检查的敏感性比培养差，并有假阳性出现。

对于临床高度怀疑或已确诊的新生儿HSV 感染,应立即给予抗病毒治疗,及早有效抗病毒治疗是影响预后的最关键因素。对全身性单纯疱疹病毒感染的有效药物有两种，阿糖腺苷和阿昔洛韦，亦有人报告阿糖黄嘌呤核苷（ARA-R）疗效与阿糖腺苷相似，剂量也一样，而毒性较少。用阿昔洛韦可降低50%的死亡率，增加10%~50%的正常发育婴儿，需要积极的支持治疗，包括适宜的静脉输液，营养，呼吸支持，纠正异常的凝血反应和控制惊厥，可同时使用局部治疗如氟尿苷。阿昔洛韦可用于先天性单纯疱疹的治疗，每天剂量也为20～30mg/kg，分2～3次，每8～12小时静点1次。发现有耐阿昔洛韦的HSV毒株，可采取联合用药，如无环鸟苷和阿糖腺苷或疱疹净联合用药。

抗病毒治疗对新生儿HSV感染有明显疗效，但是仍有50%以上播散性感染的婴儿死亡。对于中枢系统感染的婴儿，尽管已经治疗，仍有15%发生死亡，播散性或中枢系统感染的存活婴儿中有8%可出现中枢系统感染的复发症状和异常脑脊液表现。

预防新生儿疱疹主要经产道感染，妊娠本身有时也可引起疱疹复发，故孕妇发生疱疹的机会较多。产道有病毒存在对新生儿的威胁很大，新生儿受染率较高，对于疱疹病毒阳性的孕妇，由妊娠36周开始，每周分离病毒一次，然后根据分娩前的最后一次病毒分离结果决定分娩途径：如阳性即进行剖宫产，如阴性即进行正常分娩，应用此种方法基本上可保证新生儿不受感染。