1.流行型或经典型

主要为早产儿、营养不良儿童，年龄多在2~6个月之间，可在育婴机构内流行。起病常常隐匿，进展缓慢。初期大多有拒睡或者食欲下降、腹泻、低热，体重减轻 ，逐渐出现干咳、气急，并进行性加重，发生呼吸困难、鼻翼扇动和紫绀。有进可发生脾大，病程一般持续3~8周，如不及时治疗，可死于呼吸衰竭，病死率为20%~50%。

2.散发型或现代型

多发生于免疫缺陷者，偶见于健康者。化学药物治疗或器官移植患者并发卡氏肺囊虫病时进展迅速，而艾滋病患者并发卡氏肺蠹虫病时进展较慢。初期表现有食欲不振、体重减轻，儿童可有发育停滞。继而出现干咳、发热、发绀、呼吸困难，很快出现呼吸窘迫，未及时发现和治疗者病死率高达70%~100%。

卡氏肺蠹虫病患者常表现症状和体重分离现象，即症状虽重，体征常缺如。少数患者，尤其艾滋病患者，治愈后可有复发甚至数次复发。

2.动脉血气分析示低氧血症和呼吸性碱中毒。乳酸脱氢酶明显升高。肺功能潮气量、肺总量和弥散量降低。

3.胸部X线检查早期典型改变为双侧肺门周围弥漫性渗出，呈网状和小结节状影，然后迅速进展成双侧肺门白蝶状影，呈肺实变，可见支气管充气征。90%患者枸橼酸镓、二乙烯三胺乙酰酸锝和多克隆免疫球蛋白铟肺显像异常，因此可作为卡氏肺蠹虫病的诊断筛选，但特异性差。

4.病原学检查可用痰或诱导痰标本，纤维支气管镜刷检、经支气管肺活检、支气管肺泡灌洗、经皮肺穿刺和开胸肺活检等标本染色观察包囊壁、囊内结构和滋养体。使用基因扩增技术较常规染色方法可明显提高诊断的敏感性和特异性。