森林脑炎一般病程14——28天，但有少数患者可留有后遗症，如失语、痴呆、吞咽困难、不自主运动，还有少数病情迁延可达数月或1——2年之久，患者表现为弛缓性瘫痪、癫痫及精神障碍。病情发展可以分为潜伏期、前驱期、急性期和恢复期4个阶段，各阶段症状有所不同：
1、潜伏期一般为10——15天，最短2天，长者可达一个多月。这期间无明显症状。
2、前驱期一般数小时至3天，部分患者和重型患者前驱期不明显。
（1）轻型患者起病多缓慢，有发热、头痛、全身酸痛、耳鸣、食欲不振等前驱症状，经3——4天后出现神经系统症状。
（2）重型患者起病急骤，突发高热或过高热，并有头痛、恶心、呕吐、感觉过敏、意识障碍等，迅速出现脑膜刺激症，数小时内进入昏迷、抽搐、延髓麻痹而死亡。
3、急性期病程一般为2——3周：典型症状有发热、中毒症状、意识障碍等，部分患者还会出现肌肉瘫痪。
(1)发热：一般起病2——3天发热达高峰(39、5——4l℃)，大多数患者持续5——10天，然后阶梯状下降，经2——3天下降至正常。热型多为稽留热（体温持续在39-40℃或更高，达数天或1周以上，24小时体温波动不超过1℃。），部分患者可出现弛张热（又称败血症热型。是指体温常在39度以上，波动幅度大，24小时内波动幅度达2℃以上，最低体温仍超过正常水平。）或不规则热。
(2)全身中毒症状：
①高热时伴头痛、全身肌肉痛、无力、食欲缺乏、恶心、呕吐等，并由于血管运动中枢的损害，患者还可出现面部、颈部潮红，结膜充血，脉搏缓慢。
②部分重症患者有心肌炎表现，常有心音低钝，心率增快，心电图检查有T波改变。
③严重患者可以突然出现心功能不全，急性肺水肿等。
(3)意识障碍和精神损害：约半数以上患者有不同程度神志、意识变化，如昏睡、表情淡漠、意识模糊、昏迷，亦可出现谵妄和精神错乱。
(4)脑膜受累的表现：最常见的症状是剧烈头痛，以颞部及后枕部持续钝痛多见，有时为爆炸性和搏动性，呈撕裂样全头痛，伴恶心、呕吐、颈项强直，脑膜刺激征。
(5)肌肉瘫痪：以颈肌及肩胛肌与上肢联合瘫痪最多见，下肢肌肉和颜面肌瘫痪较少，瘫痪多呈弛缓型，此与乙型脑炎不同。一般出现在病程第2——5天，大多数患者经2——3周后逐渐恢复，少数留有后遗症而出现肌肉萎缩，成为残废。由于颈肌和肩胛肌瘫痪而出现本病特有头部下垂表现，肩胛肌瘫痪时，手臂摇摆无依状态。
(6)神经系统损害的其他表现：部分患者出现锥体外系统受损征，如震颤、不自主运动等。偶尔可见语言障碍、吞咽困难等延髓麻痹症状，或中枢性面神经和舌下神经的轻瘫。
4、恢复期此期持续平均10——14天，体温下降，肢体瘫痪逐步恢复，神志转清，各种症状消失。

1.检验 白细胞计数及分类，脑脊液常规检查，入院时一次，必要时复查。有条件者行血清或脑脊液特异性抗体或病毒核酸检测。
2.实验室检查
1）血象:白细胞1——2万，中性增高。
2）脑脊液:压力稍高，细胞计数一般在0.2×109以下，淋巴细胞占多数。糖及氯化物正常。
3）补体结合试验（CFT）及血凝抑制试验（HLT）:双份血清效价增加4倍以上有诊断意义，或CFT单份血清效价>1︰16；HIT单份血清效价>1
4）病毒分离:病初以血清与脑脊液分离病毒，但阳性率低，死后可取脑组织分离病毒。
3.脑电图检查:多数呈弥漫性慢波或散在慢波。心电图呈T波改变。
4.辅助检查:采集病人双份血清进行血凝抑制试验、中和试验、补体结合试验和酶联免疫吸附试验（ELISA），如抗体效价有4倍以上升高则有诊断意义。死亡病例可取脑组织分离病毒，作小鼠脑内接种，或用Vero细胞、BHK-21细胞培养分离病毒。