等孢球虫病确诊有赖于大便中发现等孢球虫卵囊。取新鲜大便并经硫酸锌漂浮浓集后镜检可以提高卵囊检出率。等孢子球虫卵囊透明度较高，在直接涂片中很容易遗漏，此时可将显微镜光圈缩小直至涂片中其他原虫或细菌轮廓清晰，有助鉴别。鉴别时主要依据为卵囊大小，子孢子数目，子孢子周围是否存在孢子囊等。除大便检查以外，小肠黏膜活检和肠内容物检查，也可能发现等孢子球虫发育的各期形态。十二指肠引流液检查，部分患者亦可获阳性结果。本病应注意与其他腹泻相鉴别，等孢子球虫病广泛分布于热带和亚热带，尤应与阿米巴痢疾，肠滴虫病，蓝氏贾第鞭毛虫病，隐孢子虫病等区别，惟患者本体感染相当少见。并发症可导致慢性腹泻、水电解质紊乱、持续性或脂肪性腹泻、体重减轻等，甚至可引起死亡。由于肠道黏膜损害，导致腹泻呕吐等，均可导致水电解质紊乱发生，如果病情治疗不及时，或重症患者可导致脂肪性腹泻、营养不良。

等孢子球虫病是一种自限性疾病，多数患者虫体可自行被清除。本病目前尚无特效治疗。首选的治疗药物为磺胺甲噁唑/甲氧苄啶（复方磺胺甲噁唑），亦可用呋喃唑酮。 

预后：在病原体治疗同时，应采取其他对症治疗措施。早期诊断与治疗可使绝大多数患者痊愈，死亡病例极为罕见。

预防措施同其他肠道传染病。对无症状带虫者亦应予治疗。1、不喝冷水，不吃生食和不洁瓜果; 2、饭前便后要洗手、勤剪指甲; 3、彻底煮熟食物，尤其是烧烤或进食火锅时。 4、教育小儿改掉吃手指、咬指甲的习惯; 5、最好给儿童穿死档内裤睡觉，以防止他们抓挠肛门; 6、定期清洗玩具，或用0.05%的碘液擦洗玩具; 7、加强水源管理，避免水源污染。