1.潜伏期：新生儿柯萨奇病毒B感染的潜伏期可有很大差异，一般在生后7-14天。经宫内垂直感染者多在生后5天内发病，生后感染者多在5天后发病。潜伏期长短也与不同血清型、新生儿个体因素(胎龄、日龄、免疫状况等)有关。
2.临床表现：轻型新生儿CVB感染可无明显临床表现，而严重者可侵犯多脏器系统，甚而致死。CVB的不同血清型感染，可有相似的临床表现，而同一血清型的不同个体感染，其临床表现也有很大差异。柯萨奇B组病毒感染以COX B1、3、5多见。
（1）柯萨奇B1：发热时出现多种皮疹，包括风疹样、玫瑰糠疹样、水疱样如手足口病及疱疹性咽峡炎。
（2）柯萨奇B3：发热时出现斑丘疹、水疱和瘀斑，伴头痛、腹泻、肌痛、肝脾肿大，常在夏季流行。
（3）柯萨奇B5：主要引起脑炎、心肌炎、心包炎、腹膜炎、肝炎、睾丸炎、疱疹性咽峡炎，偶见皮疹，热退后出皮疹，多为斑丘疹，从面颈扩至躯干四肢，掌跖不受累。皮疹消退后不留痕迹。多见于18个月以下的婴儿。从咽喉分泌物、脑脊液中可分离出该病毒。

本病新生儿感染柯萨奇病毒B所致。病毒的携带者及患者均为传染源。病毒主要从粪便中排出，也可从咽喉部排出。患者脑脊液、血液、胸水、骨髓、唾液、尿中均可分离出病毒主要通过肠道传播，也可经污染的手、食品、衣服、用具等传播。在婴儿室内柯萨奇病毒感染的患儿、医护员以及喂奶妮的产妇均可或为本病散发或流行的传染源。

1、外周血象:白细胞总数正常或稍增多。
2、病毒分离:从粪便中分离病毒的阳性率最高，起病后10天内仍可阳性，在起病前36h及发热期间可从血中分离出病毒，呼吸道感染者可从咽拭或含嗽液中分离病毒，脑脊液中分离病毒阳性率较低，但确诊意义较大，其他标本包括胸腔积液，心包积液，尿液，肌肉活检组织和尸检神经组织均可送检，粪便标本可保存于4℃多日，其他标本需保存于-7℃以下。
从粪便及呼吸道中分离出病毒仅具有参考意义，因为可能是合并感染，而从血液，脑脊液和心包积液中分离出病毒则具有确诊意义，所以应尽可能从多个来源采集标本，以增加结果的可靠性。
分离柯萨奇B组病毒以组织培养为首选，常用细胞株有猴肾，人胚肾和Hela细胞，采用非洲绿猴肾(BGM)细胞株和RD细胞株效果更佳，2～5天后先观察细胞病变作初步诊断，然后用特异性抗血清作中和试验加以鉴定，全过程约需1～3周，但作为临床确诊可不必等待血清型的鉴定结果。
3、血清学检查: 由于血清型繁多，仅在下列情况下才适用：
①已分离出病毒，作为确定血清型时;
②已发现特征性临床表现如流行性胸痛，明显指示采用某些特定抗原(如B组病毒)来检测抗体时;或手，足，口腔病通常由柯萨奇A16型病毒所引起时;
③正在发生由单一血清型病毒引起流行时;
④用于某一特定血清型的血清流行病学调查时。
血清学检查方法中，中和试验是鉴定已分离病毒血清型最特异的方法，但作为检测肠道病毒感染的抗体，则中和试验还不够敏感，而且操作繁复，价格昂贵，患者在病程第2周开始出现中和抗体，2～3周后达高峰，并保持3～6年，补体结合试验的特异性较低，异型抗体出现率较高，但补体结合抗体与中和抗体同时出现，而仅保持2～3个月，可作为近期感染的依据，血凝抑制试验用途不大，因仅1/3肠道病毒产生红细胞凝集素，甚至在同一血清型也可有部分毒株产生而其余毒株不产生红细胞凝集素，最近有报告采用免疫印迹法检测IgM型肠道病毒抗体，阳性率达60%，大多数为群特异性(22/31)，少数为型特异性，有型特异性中和抗体和补体结合抗体经胎盘和母乳由母体被动转移至婴儿，肠道内的局部抗体亦有保护作用，有报道以热处理病毒为抗原和以合成多肽为抗原作ELISA法检测IgG抗体，其敏感性(以病毒分离为对照)分别为0.67和0.62，高于补体结合试验，在病毒分离阴性的56例中，IgG-ELISA法双份血清滴度有显著升高者分别为13和19例，适用于临床诊断。
近年来陆续报道用PCR法检测血清中肠道病毒RNA，具有很高灵敏度和特异性，阳性率显著高于细胞培养分离病毒。