尽管大部分AATD患者只和单个基因的变异有关，但临床表现却有很大的不同。有一些新生儿出生后很快发展成胆汁淤积性黄疸和肝炎，称为新生儿肝炎综合征，这和先天性肝外胆道闭锁、囊性纤维化、宫内感染和其他情况不同。表现为黄疸、食欲缺乏、腹胀、体重增长缓慢和肝脾肿大；实验室检查可表现为总胆红素和结合胆红素、谷丙转氨酶、谷草转氨酶升高，低白蛋白血症、维生素K缺乏或肝脏合成功能下降等所致的凝血障碍。婴儿AAT缺乏症肝活检表现多样，包括巨细胞变、小叶性肝炎、显著的脂肪变、纤维化、肝细胞坏死、小胆管缺失或增生等。幼儿抗胰蛋白酶缺乏症可表现为生长发育迟滞、食欲缺乏或肝大。因为AATD发病率很高，在美国新生儿患胆汁淤积性黄疸时血清AAT筛查是早期常规检测项目，这样就可以避免更多的侵入性检查。然而，很多携带AATD相关ZZ型变异体的新生儿不会发展成胆汁淤积。一部分儿童在新生儿晚期或儿童期呈现不明原因的转氨酶升高、肝肿大，偶有患儿出现肝硬化或急性肝功能衰竭，极罕见的情况下，AATD患儿不进食或生长发育不良。患儿发展成肺气肿一般需要lO年的时间，因此儿童时期一般看不到肺气肿表现，但是患儿容易患哮喘病。
2）成人患者临床表现：

大部分成年的AATD患者肝功能检测基本正常或轻微异常，没有任何症状。也可以表现为肝酶不正常，但无症状，可以发展到肝硬化或肝癌。肝脏是AATD患者仅次于肺脏外的第二种受累器官。AATD患者行尸检发现43%的患者存在肝硬化，28%的患者已经发展到肝癌。因此罹患AATD是成年人肝癌发生的高危因素。AATD相关的慢性活动性肝炎或肝硬化，常伴咳嗽、气急及反复肺部感染等肺气肿表现。病情进展时表现为血清胆红素增加，ALT、碱性磷酸酶升高，血清白蛋白降低等。
2.呼吸道临床表现：

由基因突变引起的α1-抗胰蛋白酶（AAT）缺乏导致肺泡组织受损，最终导致慢性阻塞性肺部疾病（COPD）、肺气肿的形成。对于内科医生来讲最大的挑战是AATD可以导致同哮喘或COPD相似的临床症状，肺部疾病最早期的症状，包括气短、咳嗽、咳大量痰、运动功能下降和喘息。症状可以不定时发作，但是，喘息是主要的症状，患者经常被诊断成哮喘病。吸烟或经常被动吸烟可以加快肺部症状的出现和肺部的损伤。众多实验结果显示，AAT相对缺乏引起的蛋白酶一抗蛋白酶系统失衡是肺气肿致病的真正原因，但也有学者认为此类患者血清AAT数量并未减少，而是表现为功能不足。肺气肿是AATD相关的最常见的疾病，一般在早期(40——50岁)发病，主要影响肺基底部全小叶，出现不对称的病理变化。研究发现FEV是评估患者生存率和肺气肿发生的主要指标，PIZZ型低FEV1比高FEV1的患者发生肺气肿的概率更大。发展为肺气肿有3个危险因素：气道高反应性、反复感染和家族遗传因素。AAT多聚体的形成在肺气肿的进展中发挥重要作用，它可以加速肺部的炎症反应。多聚体主要在较低的pH环境下形成，而吸烟可造成轻度酸性环境，加速多聚体的形成，造成肺组织的损伤。研究结果显示，AATD也与肺癌的患病风险有很大关系，大多肺癌患者体内存在AAT变异蛋白和中性粒细胞弹性蛋白酶启动子区域的多态性。吸烟可以增加患病的风险，通过诱导肺组织的炎症反应和氧化应激，促进肺组织的炎症细胞释放蛋白水解酶，使蛋白水解酶与抗蛋白水解酶失衡，引起肺组织的损伤。