本病以中西医结合或以中医为主治疗效果较好。治疗并不复杂，由于没有特效的抗病毒药物，抗细菌类药物对病毒也无效，治疗以中药辨证论治、抗病毒、对症处理为主。可用阿昔洛韦、利巴韦林等西药抗病毒，但作用有限，存在一定的副作用；疱疹性咽峡炎中医辨证属湿热喉痹，多为外感湿热，上攻咽峡所致，常用解毒利咽、化湿退热的治法，可辨证选用甘草泻心汤、甘露消毒丹等方剂；合并心肌损害者，应适当卧床休息，使用护心药。还可以利用加压或超声雾化吸入抗病毒类药物、撒入锡类散、冰硼散、西瓜霜喷雾剂等进行咽峡局部治疗；发热时可用羚羊角粉清火退热防惊风，也可用物理疗法降温，体温超过38.5℃时可以用托恩、美林等退热药；体温超过39.5℃、有呕吐、惊厥、影响饮食睡眠时可以配合输液支持疗法及对症中枢性降温措施；血常规检查白细胞计数增高、中性粒细胞增高时提示合并细菌感染，可配合使用抗细菌类药物，否则不宜使用抗细菌类药物。