通常有肛周脓肿反复发作的病史。有自行破溃或切开引流的病史。局部则有胀痛，红肿，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，互相沟通。瘘管引流通畅，局部间歇性或持续性流脓，局部疼痛不明显，仅有轻微发胀不适，如果脓液集聚较多，可出现疼痛，尤其是排便时疼痛剧烈。由于脓液不断刺激肛周皮肤而引起瘙痒，有时可伴发肛周湿疹。

总体上与肛腺及肛瘘有关，称为原发性急性肛腺肌间瘘管性脓肿，简称瘘管性脓肿，较多见；或与肛腺及肛瘘无关，称为急性非肛腺性非瘘管性脓肿，简称非瘘管性脓肿较少见；更为复杂性肛瘘大多由前者发展而来。肛瘘多为一般化脓性感染所致，少数为特异性感染，如结核、克罗恩病、溃疡性结肠炎。直肠肛管外伤继发感染也可形成肛瘘，直肠肛管恶性肿瘤也可溃破成瘘管，但都很少见，与一般化脓性肛瘘有明显区别。有人推测性激素的影响是肛瘘发生的主要原因。在青春期，人体自身的性激素开始活跃，随即一部分皮脂腺，特别是肛腺发育增殖，男性较女性增生明显。由于肛腺分泌旺盛，加上肛腺排泄不畅或肛腺管阻滞，则易感染引起肛腺炎，这可解释男性青壮年为何肛瘘发病率较高。而女性肛腺导管较直，不像男性弯曲，分泌物不容易淤积，女性肛瘘发病率较低。人到老年，肛腺也随之萎缩，故老年人肛瘘少见。

1.肛门直肠指诊：在内口外有轻度压痛，少数可扪到硬结。