阿米巴结肠炎的潜伏期从数天至数年不等，多为1-4周。虽然患者早已受到溶组织内阿米巴包囊感染，仅以共栖生存，当宿主抵抗力减弱以及肠道内感染等临床上才出现症状。根据临床表现不同，分为以下类型：
1、无症状型：阿米巴原虫仅作共栖存在，约有90％以上的入不产生症状而成为包囊携带者，多因普查发现，这些人由于症状轻微常被人忽略而成为本病重要的传染源，所以包囊携带者应引起足够的重视，必须给予治疗。
2、普通肠炎型：起病多缓慢，无明显全身症状，可有腹部不适，仅有稀便，有时腹泻，每日数次，但缺乏典型的痢疾样粪便，而与一般肠炎相似，大便检查可发现滋养体。
3、阿米巴痢疾型：和细菌性痢疾相似，但中毒症状较轻，可有发热，体温在38℃左右，腹痛、腹泻，每日数次到十余次，大便呈血性黏液便，或粪便与血分开，有时可完全为血性便，若次数不多粪便可为暗红色或果酱样，具有腐败腥臭味，含痢疾阿米巴滋养体与大量红细胞成堆，为其特征之一。
4、急性暴发型：起病急剧，全身营养状况差，重病容，中毒症状显著，高热、寒战、谵妄、腹痛、里急后重明显，大便为脓血便，有恶臭。亦可呈水样或胨水样便，每日可达20次以上，伴呕吐．虚脱，有不同程度的脱水与电解质紊乱。血液检查中性粒细胞增多。易并发肠出血或穿孔，如不及时处理可于l-2周内因毒血症而死亡。
5、慢性型：常因急性期治疗不当所致，使临床症状反复发作，迁延2个月以上或数年不愈，在间歇期间，可以健康如常。复发常以饮食不当、暴饮暴食、饮酒、受寒、疲劳等为诱因，每日腹泻3-5次，大便呈黄糊状。可查到滋养体或包囊。患者常伴有脐周或下腹部钝病，可出现贫血、营养不良和体重下降等。

阿米巴结肠炎是传染性疾病，所以其发病需要具备传染源、传播途径和易感人群三个条件：
1、传染源：结肠阿米巴的慢性病人、恢复期病人及健康的带虫者为本病的传染源；
2、传播途径：①包囊污染水源可造成该地区的暴发流行；②在以粪便作肥料，未洗净和未煮熟的蔬菜也是重要的传播因素；③包囊污染手指、食物或用具而传播；④蝇类及蟑螂都可接触粪便，将包囊污染食物而成为重要传播媒介；
3、易感人群：旅游者、流动人口、免疫功能低下的人群、14岁以下的小孩和50岁以上的人群；此外，阿米巴结肠炎的诱发因素有暴饮暴食、感冒受凉、过度劳累者以及同性恋人群。

1.病原学检查，可通过粪便检查或阿米巴培养看是否有阿米巴原虫；5.内镜检查，可发现肠内溃疡是否有炎性病变。