一般症状有腹泻、水样便、腹胀、黄色蛋花样稀便、恶心呕吐、腹痛、粪便带绿色、腹鸣等，以严重腹泻或慢性腹泻为主要临床表现，由于肠道内寄居微生物较多，不同的微生物发生生长紊乱体现的症状则不要相同，比如真菌感染可呈泡沫样稀便，有腥臭味，脓血便；葡萄球菌感染可排黄绿色稀便，每日3～20余次，伴有腹胀，腹痛一般不着，吐泻严重者可伴有脱水，电解质紊乱、血尿素氮升高、血压下降；绿脓杆菌感染能产生蓝绿色荧光素使粪便带绿色，但并不经常引起腹泻，个别病例粪便中有粉一般腹痛轻，少数伴恶心、呕吐、多有水、电解质紊乱，重症可发生休克；白色念珠菌感染一般多从上消化道开始，蔓延到小肠甚至肛周，鹅口疮常是白色念珠菌肠炎最早的信号，如小肠黏膜糜烂或溃疡可引起多次的无臭黏液脓性粪便，有时可呈水泻，伴有消化不良，如治疗不及时，可扩散至呼吸道、泌尿道甚至脑组织等等。旅行者在旅游途中水土不服也会有类似的症状出现，要及时治疗。

该疾病产生的原因有肠道内菌丛组成可因个体不同而存在差异，但对同一个人来说，在相当长的时期内菌丛组成十分稳定，一旦发生紊乱会引起该疾病；药物在肠道内代谢作用，任何抗生素都可导致肠道菌丛的改变，其取决于药物的抗菌谱及其在肠腔内的浓度。例如氯林可霉素和氨苄青霉素等容易引起菌群失调，使耐药的艰难梭菌大量繁殖而致病，导致抗生素相关性腹泻；饮食习惯，无纤维食物促进细菌易位。纤维能维持肠黏膜细胞的正常代谢和细胞动力学。食物纤维能减少细菌易位，但不能使屏障功能恢复至正常；随着年龄的变化也会有影响，有可能减弱对免疫机能的刺激，导致毒素增加使免疫受到抑制，老年人能维持年青时的肠道菌群平衡，能够提高机体免疫能力。

检查可以通过粪便显微镜检查、粪便寄生虫、纤维结肠镜检查、乙状结肠镜检查、大便常规等，菌群分析为主要检查方法，分为定性分析和定量分析2种，镜检都是通过采集患者粪便样本，在不同的显微镜下检查相关指标，.结肠镜检查时，可见肠黏膜呈弥漫性充血、水肿、血管分支模糊不清或消失，并有散在的糜烂溃疡及出血，有时可见黄色假膜附着。