1.三叉神经痛 两者的疼痛性质与发作情况完全相似，部位亦与其毗邻，第三支痛时易和舌咽神经痛相混淆。二者的鉴别点为：三叉神经痛位于三叉神经分布区、疼痛较浅表， 扳机点 在睑、唇或鼻翼，说话、洗脸、刮须可诱发疼痛发作;舌咽神经痛位于舌咽神经分布区，疼痛较深在， 扳机点 多在咽后、扁桃体窝、舌根，咀嚼、吞咽常诱发疼痛发作。 

2.喉上神经痛 喉深部、舌根及喉上区间隙性疼痛，可放射到耳区和牙龈，说话和吞咽可以诱发，在舌骨大角间有压痛点，用1%丁卡因卷棉片涂抹梨状窝区及舌骨大角处。或用2%普鲁卡因神经封闭，均能完全制止疼痛可相鉴别。 

3.膝状神经节痛 耳和乳突区深部痛常伴有同侧面瘫、耳鸣、耳聋和眩晕。发作后耳屏前、乳突区及咽前柱等处可出现疱疹，疼痛呈持续性。膝状神经节痛者，在咀嚼、说话及吞咽时不诱发咽部疼痛，但在叩击面神经时可诱起疼痛发作，无扳机点 。

2.微血管减压术是舌咽神经痛根治的首选方法。 引起舌咽神经痛的主要原因为颅内血管对神经的压迫，用手术方法将压迫神经的血管从舌咽神经根部移开，疼痛就会消失。由于微血管减压术是针对舌咽神经痛病因的进行治疗，去除血管对神经的压迫后，约90%以上的患者疼痛可以完全消失，并保留神经的其他功能，达到彻底根治的目的。 微血管减压术治疗舌咽神经痛，不仅能解除疼痛，又保留了神经功能，优点较多。