急性肠型住肉孢子虫病往往在人食用被住肉孢子虫污染的牛肉、猪肉l天后出现症状，表现为恶心、腹泻、头痛、发汗、寒颤、发热、呕吐、便秘、大便溏薄等临床症状，有的还有脱水、腹胀、腹部触痛、关节酸痛等症状。人吃了感染住肉孢子虫的新鲜牛肉和猪肉后中毒反应的程度不同，在摄食猪肉后，这种症状更为明显，甚至有生命危险，中毒。状有时可持续48小时。临床化验结果显示其红细胞减少，血红蛋白下降，嗜酸性细胞增加，肝功能 (谷丙转氨酶、血清蛋白)也略有升高。慢性肠型住肉孢子虫病表现为肌肉肿胀、发热、体弱、慢性腹泻等症状。

住肉孢子虫对中间宿主的致病作用除一般的机械作用与吸收营养外，和弓形虫、锥虫等寄生原虫一样，发育的各阶段产生致病性很强的毒素。急性住肉孢子虫病发生在住肉孢子虫裂殖体阶段，表现出类似内毒素样休克、体温升高、全身组织器官出血、水肿与死亡；慢性住肉孢子虫病出现在住肉孢子虫包囊期，因其TNF能直接抑制骨骼生长，还干扰生长激素释放抑制因子等生长调节物，间接地影响生长。所以慢性住肉孢子虫病出现恶病质、肌肉萎缩、生长发育受阻。

住肉孢子虫病诊断的血清学方法主要有间接血凝、酶联免疫吸附试验、间接荧光抗体试验、琼脂扩散等，以同种或异种住肉孢子虫包囊和缓殖子作抗原，诊断血清抗体IgG和IgM。血清学方法检测血液中的抗原能提早诊断。组织学检查是十分必要的，因为特异性抗体阳性往往并不能真实地反映病状。只有根据特异性的全身性点状出血等病理变化，并在血管内皮细胞中检查到裂殖体或肌肉组织中检查到多量的幼包囊，才可确诊为急性住肉孢子虫病。