从阴道后穹隆或尿道取材后用盐水湿润，并用显微镜观察，这是证明有活动力阴道毛滴虫存在的常规方法。然而，这种技术的敏感性相对肉汤培养基培养法来说最多也只有80％。体外培养的主要不足为在检出毛滴虫前样本要培养数天。此外，很多临床医师也，不具备培养的设备。 可尝试用不同的染色技术（如吖啶橙染色）来提高显微镜诊断的敏感性。宫颈涂片作Papanicolaou染色可能看到毛滴虫，但这并不被认为是一种可靠的诊断方法。更新的单克隆抗体测定和核酸扩增试验（NAATs）已被用来检测生殖道样本中的毛滴虫，但这些方法普遍不适用于常规的临床工作。NAATs检测阴道毛滴虫的敏感性可接近100%，是作为男性检查惟一有价值的方法。

1959年甲硝唑发现前，局部使用阴道制剂可使症状缓解却很少能治愈。问题在于所有的局部治疗都缺乏对尿道及尿道旁腺的穿透力，而这些部位恰好是病原体的贮存库。直到20世纪60年代，甲硝唑成为抗毛滴虫治疗的主要方法，且其他的硝基咪唑类药物(如替硝唑）也很有效。英国国家治疗指南推荐的甲硝唑治疗方案为单次口服2g，或400mg每日2次治疗5-7天，患者对单次服药法有更好的顺从性且副作用较小，但疗效可能轻度减弱。孕妇推荐用5天服药法。妊娠期或哺乳期应避免单次口服高剂量。在治疗结束后1周常常要进行检查判断是否治愈，但如果症状已经消退则这些检查也不是必需的， 如果患者依从性好且无重复感染，用甲硝唑治疗的治愈率还是比较高的。治疗无效的原因如果不是依从性差或再感染，则很可能是阴道毛滴虫对甲硝唑产生了耐药性。这种甲硝唑耐药阴道毛滴虫种属的比率一直较低，却在逐渐增长。 治疗对耐药患者的治疗比较困难。在早期，要静脉给予或大剂量口服甲硝唑较长时期，并合用甲硝唑阴道栓剂，备选的治疗方案包括替硝唑、壬苯醇醚-9阴道栓剂、克霉唑阴道栓剂，乙酰胂胺阴道栓剂，巴龙霉素阴道制剂，及广谱抗生素和甲硝唑的联合应用 筛查应该对所有的毛滴虫病患者筛查是否合并其他的STIs 性伴侣最近的性伴侣必须筛查是否有感染及给予必要的治疗

阴道毛滴虫的重复感染不会在人体产生保护性免疫，预后较差。尽管在患者的血清及阴道液中能查到抗毛滴虫抗体。资料记载的惟一疫苗为Solco Trichovac，这是从灭活的嗜酸乳酸杆菌中提取出的。其临床试验的结果还不确定。

切断传播途径，避免乱交，注意生活卫生，阻止中青年女性通过浴盆、浴池、毛巾、游泳池不洁器械互相传播