黄疸为首发症状，一般在生后1～2周开始逐渐显露。少数病例要到3～4周后才开始，但亦有在第1周内出现黄疸的病例。黄疸出现后，通常即不消退，且日益加深，皮肤变成金黄色甚至褐色，黏膜、巩膜亦显著发黄，至晚期甚至泪液及唾液也呈黄色。

先天性胆道闭锁病因较复杂，仍不十分清楚，有先天性胆道发育不良、病毒感染、胰胆管合流异常、胆汁酸代谢障碍等学说。 先天性发育异常：本病以往多认为是一种先天性胆管发育异常，但近年来经病理及临床研究认为这一学说并非完全可靠。临床上常见的先天畸形，如肛门闭锁、肠闭锁、食管闭锁等，常伴发其他畸形，而胆道闭锁则少有伴发畸形；在胎儿尸解中，亦从未发现胆道闭锁畸形。本病的临床症状有时在生后数周后才开始出现，或在生理性黄疸消退后再现黄疸。有人在做胆道闭锁手术时，探查肝门部，即使在所谓”不能手术型”中也能见到细小的索条状胆道残迹，组织切片可见胆管内腔、胆管上皮、残存的胆色素及炎性细胞浸润等。进一步说明胆道闭锁并不是一种先天性发育畸形，而是在出生前后出现的一种疾病。 感染因素：有人提出胆道闭锁、新生儿肝炎及胆总管囊肿均系病毒感染引起，属同一病变，只是病变部位不同而已。肝脏及胆道经病毒感染以后，肝脏呈巨细胞性变，胆管上皮损坏，导致管腔阻塞，形成胆道闭锁或胆总管囊肿，炎症亦可因产生胆管周围纤维性变和进行性胆管闭塞。目前有较多的报告提到巨细胞病毒感染与胆道闭锁、胆总管囊肿发病关系密切。 先天性胰管胆管合流异常：胰管胆管合流异常是指在胚胎期胰管和胆管不在十二指肠壁内汇合而在壁外汇合的先天畸形，它不仅是先天性胆总管囊肿、胆管结石、胰腺结石、胰腺炎、胆道癌、胰腺癌的重要病因之一，亦有报告胰管胆管合流异常亦可导致胆道闭锁。

血清胆红素测定：血清胆红素升高，特别是直接胆红素显著升高。血清胆红素达85～340µmol/L（5～20m/dl），动态观察可持续升高。 肝功能测定：生后3个月做硫酸锌浊度试浊度试验（ZnTT）和麝香草酚浊度试浊度试验（TTT）。多数呈阳性。脑磷脂絮状试验比ZnTT、TTT较晚，呈阳性。ALT、AST多数显示轻度或中等度升高，很少超过500U。乳酸脱氢酶及亮氨酸氨基酞酶多为正常或轻度升高。碱性磷酸酶在出生3个月后，全部病例均升高，一般在20U（金氏）以上，超过40U（金氏）即有诊断意义，并随着月龄的增加而增高。 尿胆素、尿胆原测定：粪便尿胆素及粪胆素反应阴性，尿中亦不含尿胆红素及粪胆素。后期部分血清胆红素可通过肠壁渗入肠腔内，并生成少量尿胆原及粪胆原，氧化后变为尿胆素及粪胆素。 血清5-核苷酸酶测定：5-核苷酸酶活性明显增高。胆道闭锁病儿均高于正常值上限15U，33.33%病儿高于50U，新生儿肝炎病儿均低于50U，这一结果与病理组织学改变亦相一致，即胆道闭锁胆管增生严重，与新生儿肝炎比较差异显著，可测定5-核苷酸酶，有助于胆道闭锁的早期诊断。 血清胆酸测定：胆道闭锁病儿血清中胆酸明显增高，动态观察有助于与新生儿肝炎的鉴别诊断。 血清甲胎蛋白（AFP）测定：AFP为正常胎儿肝脏所制造，出生1个月后自然消退。胆道闭锁主要为胆管上皮增生，无肝细胞增生，不能合成AFP，定性试验为阴性，偶为阳性，其平均值很低，新生儿肝炎时肝细胞增生，AFP的合成增加，血中AFP增高。用放射免疫扩散法，连续定量测定，高峰大于4mg/dl可诊断为新生儿肝炎。 血浆低密度脂蛋白（LP-x）试验：LP-x是阻塞性黄疸病人血清中的一种正常的低比重脂蛋白，在胆道闭锁时胆汁在肝内淤滞，血清中LP-x明显增高。 红细胞过氧化化氢溶血酶试验：在胆道梗阻时脂溶性维生素E缺乏，红细胞膜缺乏维生素E时，失去维生素E的氧化作用，不能防止H2O2所诱发的溶血。如果溶血率增高，间接证明维生素E缺乏，说明梗阻的程度。正常婴儿溶血＜20%，若溶血在80%以上者则为阳性。 十二指肠引流液中胆红素测定：本方法原理是胆道闭锁病儿胆汁不能进入消化道，十二指肠液中不含胆色素。采用带金属头的新生儿十二指肠引流管，经鼻腔（或口腔）插入胃内，抽尽胃液，置病儿于右侧卧位，髋部略垫高，注入清水20ml以刺激胃蠕动。在X线荧光屏下继续插管，使金属头进入十二指肠第二段。抽取十二指肠液，在抽完第1管后（胆汁装入试管），从引流管注入33%硫酸镁2～5ml/kg，随后每隔15min抽取十二指肠液，分别装入“甲”、“乙”、“丙”管，检查pH值、白细胞和胆红素。李穗生报告19例十二指肠液不含胆红素者中，18例确诊为胆道闭锁，11例十二指肠液含胆红素者中2例确诊为胆道闭锁，此2例为重度黄疸病儿，与血清胆红素过高，从肠壁渗入肠腔有关。此法可获90%确诊率，有助于胆道闭锁的早期诊断。 其他辅助检查： B型超声：肝外胆道多不能探查，胆囊多不显像或显著瘪小，动态观察胆囊进食前后的变化，更有助于诊断。 肝胆核素动态检查 131I标记玫瑰红排泄试验：90%以上的胆道闭锁131I随粪便的排泄量在5%以下，新生儿肝炎几乎全部都在10%以上。 99mTc肝胆显像：有报告在26例胆道闭锁病儿中24例行肝胆核素检查，全部肝外胆道和肠道均无放射性99mTc出现，诊断为胆道闭锁，无一例漏诊。 肝脏穿刺检查：经皮肝穿活检由于穿刺针及操作技术的改进，少有出血及胆汁漏等并发症，可有效地诊断本病，诊断率达60%～92%。 经皮肝穿胆管造影（FTC）：PTC检查不受黄疸程度及肝外胆道引流状态的影响，成功的造影可清晰显示完整的肝内、外胆管影像。新生儿及婴幼儿期因其胆管解剖学特点，PTC成功率较年长儿为低。 术前做PTC检查的目的：胆道闭锁病儿术前做PTC检查的目的是： 鉴别新生儿肝炎与胆道闭锁。 了解肝内胆管结构。 判断胆道闭锁的类型。 为选择手术方法提供依据。 术后做PTC的目的： 了解吻合口有无狭窄。 估计预后。 再次手术的选择。 PTC比较安全，操作较简易，但仍有一定的创伤性，且可并发胆汁漏性腹膜炎、腹腔内出血、高热及气胸。有人报告前两种并发症的发生率为1%～2%，应严格掌握指征。 腹腔镜检查：在麻醉下做人工气腹后，经腹壁小切口插入腹腔镜，观察腹腔器官及组织，在检查上腹部时，应安置胃管吸空胃内容。腹腔镜对鉴别新生儿肝炎与胆道闭锁有一定意义。可观察肝脏的颜色、大小及形态结构。找不到胆囊或胆囊苍白瘪小时，多可确诊为胆道闭锁。若尚未见到胆囊，可用一细针穿刺行胆管造影术，亦可用细针或细塑料管经过腹壁肝脏及胆囊床插入胆囊腔内行造影，从而获悉胆道情况。若造影显示肝外胆管开放，并有造影剂流注十二指肠者，可排除肝外胆道闭锁，亦可在腹腔镜下取肝组织活检。 经纤维内窥镜逆行性胰管、胆管造影检查（ERCP） 该项检查不仅能对胆道闭锁、胆道发育不良及新生儿肝炎做出诊断（即胆道未显影者应考虑胆道闭锁），并可显示胰管的形态及走行，为有无胰管、胆管合流异常提供影像特征。