医院设有29个临床一级科室和18个二级科室,专病门诊40个,医技科室8个。有国家临床重点专科6个(老年病科、周围血管外科、肝病科、妇科、针灸科、临床药学),国家中医药管理局“十五”规划重点专科2个(老年病专科、周围血管病专科),国家中医药管理局“十一五”规划重点专科5个(骨伤科、针灸科、肛肠科、高血压专病、急诊科),“十二五”重点专科6个(肝病科、妇科、肺病科、耳鼻喉科、护理学、临床药学),国家教育部重点(培育)学科1个(中医内科学),国家中医药管理局重点学科11个(中医心病学、中医脑病学、中医肿瘤病学、中医妇科学、中医儿科学、中医针灸学、全科医学、中医肝胆病学、中医护理学、中西医结合临床、中医预防医学),国家中医药管理局三级实验室中药制剂实验室1个,国家中医药管理局首批重点研究室1个(高血压病血脉理论与应用研究室)。
山东省中医药重点专科15个(骨伤科、中药制剂和剂型改革基地、周围血管病、肛肠病、肾病科、儿科、皮肤科、眼科、外科、血液病科、脑病科、内分泌科、肿瘤科、推拿科、风湿病科)。山东省教育厅重点学科及实验室8个(中医内科学、中医外科学、中医妇科学、中医儿科学、中医骨伤学、针灸学、中药制剂实验室、中医心血管病实验室),山东省卫生厅重点学科及实验室5个(中医内科学、中医妇科学、中医血液肿瘤学、中医心血管病实验室、中西医结合肿瘤技术防治实验室)。
各临床科室都形成了自己的优势和特色,如内科的心脑血管疾病、血液、肿瘤、风湿类风湿病、糖尿病、脾胃病、肝病、呼吸系统疾病和肾病;骨科的脊柱病、创伤病,显微骨科和小儿骨科;中西医结合外科、疮疡乳腺病;周围血管病;肛肠疾病;不孕、不育症;小儿消化系统、呼吸系统疾病、高热惊风、小儿多动症;推拿治疗小儿腹泻、椎间盘脱出症;针灸治疗中风、胆石症、各类疼痛性疾病。眼科、耳鼻喉科、皮肤科、口腔科等形成了自己的特色。医院名医云集,其中被确定为全国和省级老中医药专家学术经验继承导师的就有30多人。如擅以中医中药治疗周围血管病的国医大师尚德俊主任医师;以清热解毒法治疗风湿免疫性疾病的名老中医张鸣鹤主任医师;对中医中药治疗肝病有独到见解的名老中医王文正主任医师;以中西医结合治疗急性粒细胞性白血病的名老中医焦中华主任医师;采用清热解毒法治疗中风先兆的名老中医邵念方主任医师;对以活血化淤法治疗冠心病有深入研究的名老中医、博士生导师丁书文主任医师等。