医院重视专科专病建设，形成了国家级、省级、市级多层次的重点专科建设总格局。现有国家级重点专科建设单位3个，省级重点专科建设单位4个，市级重点专科13个。其中，儿科为国家临床重点专科(中医专业)建设单位；内分泌科、儿科为国家中医药管理局“十二五”重点专科建设单位；心血管科、脑病科、骨伤科、推拿科为山东省第四批重点中医专科建设单位。在重点专科的辐射、示范、带头作用下，各科室均深入开展了中医优势病种临床研究、中医临床路径管理、单病种质量管理控制工作，不断规范临床诊疗行为，医疗质量和医疗安全水平得到了进一步提升。2012年1月，医院被国家中医药管理局批准为中医药防治传染病临床基地建设单位。自2013年5月份开始，医院承担了国家中管局“中医药预防保健及康复服务能力建设项目”，提高了菏泽预防保健服务水平。在此基础上，又被遴选为2014年中医“治未病”服务能力项目建设单位。医院以国家中医药重点项目建设为契机，完善中医诊疗服务，发挥中医药特色优势，使更多患者享受到了“简、便、验、廉”的中医药特色服务。

一级科室	二级科室
骨科	手、足外专科.
中医科	心内科 中风科 肠胃科 肝病科 内分泌专科 肾病专科 外科 骨外科 内科 痔瘘科 妇产科 儿科 皮肤科 眼耳鼻喉科 肿瘤科 针灸推拿科 不孕不育科
其他	急诊科

一楼门诊排队取号缴费，在前台进行登记。

一楼是放射科，抽血以及小便检验都是在一楼，旁边有一个取二维码的机器，很快就知道结果咯

药房在一楼有中药房以及西药房。

患者如需住院接受治疗需要医生开具住院证明，然后到一楼住院专柜缴费入院接受治疗。