呕吐型肠毒素:蜡样芽孢杆菌致吐毒素常常是在米饭等淀粉类食物中产生， 该菌污染食品后主要分解糖类，因而食品没有明显的腐败现象。致吐毒素导致发病的潜伏期较短，一般仅为0.5～5.0 h，症状以恶心和呕吐为主，并有头晕、四肢无力等症状，与金黄色葡萄球菌引发的食物中毒症状相似，持续 6～24 h。 腹泻型肠毒素：蜡样芽孢杆菌引起腹泻型食物中毒的致病媒介是腹泻型肠毒素。常引起腹泻型食物中毒的食物有肉类、海鲜、乳品和蔬菜等，通常在进食污染食品 6~15 h 后发病，主要症状为水样腹泻、腹部痉挛和疼痛，少见呕吐，病程持续约 24 h，一般引起食物中毒的食品中蜡状芽孢杆菌的数量为 105~108 cfu/g，也有数量较低的情况（103~104 cfu/g）。

蜡样芽孢杆菌食物中毒通常以夏秋季（6—10 月）最高，其中9 月最多。引起中毒的食品常于食用前由于保存温度不当、放置时间较长或食品加热不彻底，致使残存的芽孢得以生长繁殖，从而导致中毒。在蜡状芽孢杆菌产生的毒素中，呕吐型肠毒素的危险性要高于腹泻型肠毒素，呕吐型肠毒素导致的食物中毒多由米面制品（特别是室温条件下保存的米饭、面制品和豆制品）引发。我国发生的食物中毒主要是由呕吐型肠毒素引起，占75.9%，这与我国以米面为主食的饮食特点是对应的。腹泻型肠毒素导致的食物中毒，诱因主要涉及米面制品和肉制品。

粪便培养出蜡样芽孢杆菌。