超声、CT和MRI等影像学检查各具特点，我们在选择何种影像学检查时应该综合考虑患者的不同病情和检查目的，而不是一味地迷信某一种检查或根据费用的高低盲目选择。例如超声检查具有简便、实时、费用低、可反复进行等优点，常用于一般患者的筛选、术后随访等，以早期发现肝肿瘤，发现有疑问时再选择超声造影或准确CT/MRI检查；超声的另一个用途是在肝肿瘤局部治疗前的定位，它可以引导穿刺过程和进行局部治疗；彩超和超声造影则用于判断肝肿瘤的性质和检测肝肿瘤治疗后有无残留血供。
CT和MRI一般不用于常规的筛选检查。平扫CT检查多用于肝癌经肝动脉栓塞化疗术后判断碘油的沉积情况，多在介入治疗后一个月时进行；增强CT则可以判断肝肿瘤的性质和判断肿瘤治疗后的疗效，但对碘过敏者或肾功能不全的患者不选择进行增强CT检查。MRI检查因其序列多，提供的信息更丰富，对发现肝内小病灶非常敏感，鉴别诊断肝肿瘤准确，而且，其对评估各种治疗后的疗效很有帮助，尤其可以判断使用碘化油介入治疗后的病灶情况，因为核磁共振影像不受碘油沉积的影响。唯一不足的是对肝左叶近心脏的病灶判断有一定困难，主要是受心脏搏动及主动脉伪影的影响。
