目前认为是多因素综合作用的结果，如胃肠运动功能障碍、内脏高敏感性、胃酸分泌异常、Hp感染、精神心理因素等。功能性消化不良的发病机制尚不清楚。黏膜免疫和炎症功能改变以及、中枢神经（CNS）、脑肠轴及肠神经（ENS）调节功能改变。
1.一般治疗
帮助患儿的家长认识、理解病情，指导其改善患儿生活方式，调整饮食结构和习惯，去除与症状相关的可能发病因素，提高缓解症状的能力。非药物治疗包括认知治疗、调节饮食及改变排便习惯等。失眠、焦虑、抑郁等精神因素是儿童FD的一个重要病因，而儿童对反复的腹痛、腹胀等上腹部不适症状的耐受性差，这些症状可能反过来促发和加重患儿的精神症状。近年来认知行为疗法对FD患儿的治疗越来越受到重视。
2.药物治疗
根据患儿的临床表现及其与进餐的关系，可选用促动力药、抗酸药和抑酸药，一般疗程2～4周。具体选药原则详见儿童FD的诊治流程。治疗无效者可适当延长疗程，并可进一步检查，明确诊断后再进行治疗。有Hp感染者，需行Hp的根除治疗。
（1）促动力药
目前常用促进胃排空的药物主要有：①多巴胺受体拮抗剂：甲氧氯普胺，具有较强中枢止吐作用，可增强胃动力。但因其可导致锥体外系反应，故不宜用于婴幼儿和长期大剂量使用。多潘立酮是选择性外周多巴胺D2受体拮抗剂，不透过血脑屏障，无锥体外系不良反应，能增加胃窦和十二指肠动力，促进胃排空，明显改善FD患儿餐后饱胀、早饱等症状旧。但长期使用可引起血泌乳素升高，个别患者出现乳房胀痛或泌乳现象。②5羟色胺4（5-HT4）受体激动剂：枸橼酸莫沙必利，可明显改善FD患者早饱、腹胀。
（2）抗酸及抑酸药
已广泛应用于消化不良的治疗。目前临床上常用的抗酸剂有铝碳酸镁、复方氢氧化铝、碳酸钙口服混悬液等，可以缓解症状。抑酸药包括H2受体拮抗剂（H2RA），如：西米替丁、雷尼替丁、法莫替丁等；和质子泵抑制剂（PPI），如：奥美拉唑。这类药对于缓解腹痛、反酸、烧心等症状有较明显的作用。
（3）根除Hp感染
虽然Hp与FD的发病和症状间的关系尚不确定，但临床上对于伴Hp感染的FD患儿仍建议进行根除Hp的治疗。有研究表明对于Hp阳性的FD患者，用奥美拉唑及抗生素根除Hp治疗后可使部分患者症状得到长期改善。比单一使用奥美拉唑疗效好。
用乳酸杆菌等肠道益生菌的作用除了能抑制肠道病原菌的生长、增强机体免疫功能外，还参与了内源性物质的消化分解，通过增强或降低消化道酶的活性，或产生各种消化酶而促进消化功能。
4.中药治疗
是功能性胃肠病的一种重要治疗方法。中药的作用机制并不完全清楚。但有证据显示，它们即使在很低的浓度下也可以通过味觉系统、迷走神经以及肠道神经系统刺激胃及消化腺的分泌，并通过肠道神经系统加强了消化道对中枢神经系统的反馈刺激，从而使肠道功能增强。较大剂量的中药甚至可以直接影响胃肠黏膜。中草药常含有芳香油类，而芳香油类有解痉、通气导泻及局部止痛的功能。近年来多个关于中草药制剂（如香菜油、薄荷油、姜以及姜黄提取物等）的对照研究表明，中草药对功能性胃肠疾病的治疗效果优于安慰剂，而与促胃肠动力药的效果相同。
FD发病的心理因素已越来越受到重视。医生应该具备足够的同情心、耐心。给予一定的行为治疗、认知治疗或心理干预，可以配合使用一些安慰剂，大部分症状会随着时间的推移而改善。而对抑酸和促动力治疗无效、且伴有明显精神心理障碍的患者，可以请心理科医生协助诊治，适当给予抗焦虑、抗抑郁药，可改善症状。
