心房颤动的药物治疗
目前，心房颤动 药物治疗有二种方法：(1) 完全抑制心房颤动，以保持正常的心律（normal rhythm）；(2) 让心房颤动持续存在，但降低心室跳动的次数，保持每分钟在70-80 左右。前者称为心律控制（rhythmcontrol），后者称为心率控制（rate control）。心律控制的目的是抑制心房颤动，使病人不致于因心房颤动产生中风及心力衰竭等并发症，并且维持正常的心房及心室配合（synchronization）的功能，以达到最好的心排出量（cardiac output）。而心率控制，虽不能抑制心房颤动，但可让心室的心跳维持在50-90（平均70左右）之间，使病人不会感到不舒服。
常见心率控制(rate control) 的药物常见有：β受体阻断剂、钙离子阻断剂以及毛地黄药物等等。然而心律控制(rhythm control) 的药物常见有：胺碘酮(Cordarone)、盐酸普罗帕酮片(Rytmonorm)、盐酸决奈达隆片(Multaq) 等等。至于要选择心率控制(rate control) 或者是心律控制(rhythm control) 则需依照病人的临床情况而定，也须详细地跟您的医师讨论评估。
预防血栓治疗
心房颤动会增加5倍以上脑血管梗塞的机会，因此无论使用心律控制治疗或是心率控制治疗，预防血栓的疗法皆是重要的课题。临床上医师会依据心房颤动患者的中风危险因素，来可虑使用抗凝血药物，常见的有阿斯匹林(Aspirin)、氯吡格雷(Plavix)、欧服宁(Orfarin)、甚至新一代的抗凝血药物，如泰毕全(Pradaxa) 或利伐沙班(Xarelto) 等多种不同药物，完善地风险评估以及规范的服用药物可大幅减低中风之危险性。
心房颤动的非药物治疗
心房颤动同步电复律：藉由体外电流的刺激治疗心房颤动，恢复正常心跳。电击前会使用短效麻醉剂，降低过程中的不适感。
心房颤动导管射频消融术：导管射频消融是置入几根长的、软性导管进入心脏内。该过程需要在心导管室进行。不需要全身麻醉，但有时会给您药物让您放松，并在过程中保持舒适。接着藉由穿刺针和导引鞘管经由左右心房的中膈穿刺到左心房。然后利用诊断导管收集到左心房内心律失常的特定区域。此外计算机系统还可将您的心脏作成一个三维立体模型(3D)，并且将您的心脏电位活动投射在立体图上。这些立体模型图可以更快、更准确地找到心律失常的区域。再利用特别的电极导管放入心脏局部释放高频电流，在很小范围产生很高温度，通过热效应，使局部组织内水分蒸发干燥坏死，中断异常电位通路并恢复正常心脏节律。在大多数情况下, 被消融的区域为肺静脉周围地区。射频消融术后，心房颤动的症状可能会完全消失。但是，有些人可能会在射频消融术后，于三至六个月内仍有症状。这是正常的。在某些情况下将进一步治疗或可能需要再次射频消融。因此，后续的追踪是很重要的。
