炎症性肠病的诸多肠道损害会导致患者营养不良，出现低体重、低蛋白、营养不良以及贫血症状，重度患者甚至因为营养耗竭，不能承受手术治疗，需要推迟直到身体营养条件好转后方可进行手术治疗。调节好患者的营养状态是炎症性肠病治疗的关键。如果疾病不是很严重，患者可以通过每日进食补充营养;但若是出现明显的肠道病变，比如说狭窄、梗阻、脓肿，常规的进食会加重疾病症状，这时就需要通过营养支持治疗(包括肠内及肠外营养)来保证人体每天必需的营养摄入；对于需要手术治疗的患者，术前更需要通过营养支持治疗升高白蛋白、改善贫血、提高体重。
可以进食的患者要注意多吃富含蛋白质的食物，同时通过药物补铁、补钙及维生素D，改善贫血和骨质疏松的症状；对于普通人利好的粗纤维食物会加快肠道蠕动，反而加重病情，不宜食用。而针对需要做肠内营养支持的患者，最常用的方式是口服肠内营养液、肠内营养粉，根据病变范围选择不同的营养药物;如果患者通过口服营养治疗效果不佳，或者服用后完全不耐受，出现明显的腹胀腹泻，可以改用鼻饲管，直接将营养药剂注入空肠上段，持续缓慢滴注，可以有更好的吸收效果。还有一种常见问题，肠内营养制剂有整蛋白型、短肽型和氨基酸型。氨基酸和短肽类的肠内营养制剂，这种物质虽然容易吸收，但是有很强的“腥”味，“口感”略差，有些患者难以接受，这时也可以采用鼻饲管直接注入胃中，这种方式对儿童患者也有很好的疗效。
正确的营养支持治疗可以帮助炎症性肠病患者维持相对良好的身体状态，而营养耗竭不能手术的患者通过规范调整，也能够达到允许手术的水平;更有一部分患者，虽然出现了肠道包块或脓肿，通过积极的肠内营养结合免疫抑制剂治疗，可以达到较好的效果，最终实现“避免手术”这一目标。
