从病程上讲，脑瘫属于非进行性疾病，随着年龄增长，总体水平呈逐渐好转趋势，但一些痉挛型脑瘫患儿在年长后或青少年期往往发生挛缩，且与训练不够有一定关系。然而，婴幼儿时期很多疾病都可能累及神经系统，尤其一些变性病、遗传代谢病，往往在出生后不久或稍后出现症状，表现为运动、智力发育落后或出现能力倒退，身体发软或僵硬，动作笨拙等，极易与脑瘫混淆，因此临床诊断是应当谨慎。常见需要与脑瘫鉴别的疾病包括：
1)精神发育迟滞
即所谓的“智力低下”、“弱智”。是指个体在发育时期内(18岁以前)，一般智力功能明显低于同龄水平，同时伴有适应行为的缺陷。早期症状往往表现为运动、认知、语言等能力普遍性发育落后，可能伴有肌张力偏低，但没有异常姿势以及病理反射。
2)脊髓性肌萎缩症
脊髓前角运动神经元变性病。根据发病年龄及严重程度分为不同类型：婴儿型在新生儿期或稍后发病，哭声弱，咳嗽无力，肢体活动减少，进行性四肢无力，近端重、远端轻，对称性分布，可见肌束细颤，病情进展较快，往往因呼吸肌受累导致感染引起死亡。中间型起病稍晚、进展慢，早期腱反射消失为重要特点，肌电图检查可以确诊。
3)肌营养不良
往往在1-2岁开始发病，患儿1岁前发育正常，1岁会走后但长期走不稳，进行性肌无力，不能跑、跳，上、下楼梯困难，蹲、起困难等，后期不能行走，关节挛缩变形。
4)遗传代谢病
涉及体内各种物质代谢，临床症状变化多样，早期诊断十分困难。该病通常有反复加重的特点，常因饮食因素或感染诱发，常因运动发作落后而误认为脑瘫。
5)其他
先天性肌病、遗传性感觉运动神经病、肿瘤、脑白质营养不良等，早期也都表现为运动发育延迟或倒退，肌张力低下，以后才出现痉挛，症状极似脑瘫，早期确诊都有一定难度，须仔细鉴别。
每一种疾病都有一个自然发展的过程，早期临床表现往往不典型，给诊断带来难度。家长应当细微观察，详细描述，尽量给医者提供可靠的诊断依据，以便及时正确诊断。
